特别行政区，是根据宪法规定在中华人民共和国行政区域范围内设立的，享有特殊法律地位、实行资本主义制度和资本主义生活方式的地方行政区域。香港和澳门特别行政区的设立，是邓小平先生“一国两制”伟大构想的成功实践，成功的以和平方式处理了历史遗留问题。中央人民政府与特别行政区的关系，是在单一制的国家结构形式体制内的中央与地方的关系，特别行政区享有高度自治权，但它不享有国家主权，也不是一个独立的政治实体，其法律地位相当于省、自治区和直辖市。下面我们就特别行政区的高度自治权展开论述。
特别行政区享有宪法和特区基本法赋予的高度自治权：
第一，立法权。特别行政区立法会应当按照宪法和特区基本法赋予的权限立法，立法后需向全国人大常委会备案，备案不影响生效。特别行政区基本法的制定权和修改权属于全国人民代表大会，解释权属于全国人大常委会。此外，除极少数需要在特区实施的法律之外，特区不实行全国统一的法律，这里极少数的法律法规主要是和国家主权色彩密切的法律，例如《宪法》、《国旗法》、《国歌法》等。
第二，行政管理权。除了国防、外交以及其他应当由中央政府管辖的事项之外，特区政府可以自行处理有关事务，例如独立的税收和预决算、自行负责社会治安、自行发行和流通自己的货币、单独的出入境管理制度等。
第三，司法权和终审权。特别行政区有自己独立的司法系统，特区法院独立进行审判，不受干涉;终审权是指特别行政区的诉讼案件以该区终审法院为最高审级，终审法院的判决是最终判决。
第四，对外交往权。也称外事权，是指特别行政区可以以“中国香港”、“中国澳门”的名义对外参加经济和文化交流，参加此类国际组织和国际会议。例如文化方面，香港和澳门特区可参加奥运会，经济方面香港和澳门可以参加世界贸易组织，但是对外交往的权限只限于经济和文化交流，政治方面则不行，因为对外政治交往属于外交权限，特区无权参与，例如香港、澳门不是联合国的成员。
特别行政区的高度自治权是由宪法和特区基本法所赋予的，在“一个中国”的原则下，能妥善处理中央政府与特区地方的关系。正如习近平主席去年视察香港时说道，“一国”是根，根深才能叶茂;“一国”是本，本固才能枝荣。必须坚守“一国”原则，中央与特别行政区的权力关系是授权与被授权的关系，在任何情况下都不能以“高度自治”为由对抗中央的权力，中央对特区具有无可争议的全面管治权。
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