中医认为“呼出心与肺，吸入肾与肝”，“肺为气之主，肾为气之根”。
“肾为气之根”，语出《类证治裁》：“肺为气之主，肾为气之根。肺主出气，肾主纳气。”“肾为气之根”是指肾是人体一身之气的根本。从《类证治裁》原文所述来分析，“肾为气之根”是承“肺为气之主”而言，其后又说“肺主出气，肾主纳气”，结合上下文可知，“肾为气之根”是强调肾在呼吸运动中的作用。由此可知，“肾为气之根”与“肾主纳气”是异语同义，即肾为一身之气的根本，具有摄纳呼吸之气，保持呼吸深度，防止呼吸表浅的作用。故《类证治裁》曰：“肺为气之主，肾为气之根。肺主出气，肾主纳气。阴阳相交，呼吸乃和。”
呼吸运动虽为肺脏所主，但亦与其他脏腑有关。人体呼吸运动的正常进行，依赖于肺气的宣降、肾气的摄纳，以及心气的推动、肝气的调畅。故《难经。四难》曰：“呼出心与肺，吸入肾与肝。”由于肾藏精，为“封藏之本”（《素问。六节藏象论》），肾（命门）为“十二经脉之根，呼吸之门，三焦之源”（王肯堂《灵兰要览》），而足少阴肾经“其直者，从肾上贯肝膈，入肺中”（《灵枢。经脉》），“肾上连肺”（《灵枢。本输》），故肾的封藏作用能摄纳由肺吸入的自然界之清气，以使呼吸调匀，深长有力。正如《医碥》所说：“气根于肾，亦归于肾。故曰肾纳气，其息深深。”肺居上焦而司呼吸，肾位下焦而主纳气，肺肾相合，吸纳相因，则呼吸深长，节律调匀。
肾主纳气是以肾藏精为基础的，是肾的封藏作用在呼吸运动的体现。故明代李梴在《医学入门》中说：“肾有两枚，……纳气收血，化精，为封藏之本。”肾精充足，则纳气正常，呼吸深长有力；若肾精不足，肾气亏虚，摄纳无力，则既不能摄纳由肺吸入自然界之清气，又不能调节呼吸之深度，从而导致呼吸表浅、呼多吸少、动则气喘、气息不续等症。即如《灵枢。经脉》说“肾足少阴之脉，是动则病饥不欲食，面如漆柴，咳唾则有血，喝喝而喘。”《证治准绳》曰：“真元耗损，喘出于肾气之奔，……乃气不归元也。”
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