肾属水，位下焦，主藏精，为阳中之阴脏；心属火，居上焦，主藏神，为阳中之阳脏。二者水火既济，阴阳相制，精神相关，存在着密切关系。心肾两脏的关系主要表现在以下三个方面：
其一，水火既济。心居上焦，其性主动，为“阳中之太阳”，故心以阳（火）为主；肾位下焦，其性主静，为“阴中之阴”，故肾以阴（水）为主。《素问。六微旨大论》曰：“升已而降，降者为天；降已而升，升者为地。天气下降，气流于地；地气上升，气腾于天。”指出在自然界，居于下者，以上升为顺；位于上者，以下降为和。“人身亦一小天地也”，人体在生理上，位于上的心火，下降于肾，以助肾阳，使肾水不寒；而居于下之肾水，则上济于心，以滋心阴，使心火不亢。如此，使心肾协调，故称之为“心肾相交”，或水火既济。在病理上，若心火不能下降于肾而独亢于上，或肾水不能上济于心而凝聚于下，皆可导致心肾的关系失常，而见失眠多梦、心烦惊悸、腰膝酸软，或见男子遗精、女子梦交等症。称为“心肾不交”，或“水火失济”。如《理虚元鉴。心肾不交论》所说：“虚劳初起，多由于心肾不交，或一念之烦，其火翕然而动，天旌摇摇，精离深邃，浅者梦而遗，深之甚者，漏而不止。”清代陈士铎在《辨证录。不寐门》中亦云：“有人昼夜不能寐者，心甚烦躁，此心肾不交也。盖日不能寐者，乃肾不交于心；夜不能寐者，乃心不交于肾也。今日夜不能寐，乃心肾两不相交也。”治当滋阴降火、交通心肾。具体可选用黄连阿胶汤，或三才封髓丹等方加减治疗。
其二，阳气相关。肾为先天之本，内寄元阴元阳（即命门之水火），元阴元阳，即肾阴肾阳。肾阴肾阳为一身阴阳之本，肾阳为五脏阳气之根，具有温煦人体脏腑组织的作用。生理上，心阳有赖于肾阳的温煦，肾阳有赖于心火的温养。肾阳充足，命门火旺，则心阳得温，血行通畅；心阳充足，血运正常，则肾得温养，肾阳亦旺。若命门火衰，温煦力弱，则心阳不足；若心阳先亏，累及于肾，导致肾阳不足，而见心肾阳虚之证。若肾阳亏虚，不能制水，而见“水气凌心” 之证。
其三，精神相关。肾藏精，心藏神，精是神志活动的物质基础。故精与神的关系，主要表现在，精能养神，而神能御精。肾精充足，则心神得养，则神思敏捷，神志正常；若肾精亏虚，心失所养，则见虚烦少眠、惊悸健忘等症。如《医学集成。健忘》所说： “健忘者，陡然忘其事也，年老由精涸髓枯，年少由思虑劳心。宜养心肾、培脾土、和气血，安神定志。”对于其治疗，《类证治裁。健忘》中指出：“治健忘者，必交其心肾，使心之神明，下通于肾，肾之精华，上升于脑，精能生气，气能生神，神定气清，自鲜健忘之失。”
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