| 部门 | 应急指挥部 | 职责 |
| 国务院 | 全国突发事件应急处理指挥部（主要是由国务院有关部门和军队有关部门组成，国务院主管领导人担任总指挥） | 对突发事件应急处理工作进行督察和指导 |
| 省、自治区、省辖市人民政府 | 地方突发事件应急处理指挥部（省、自治区、直辖市人民政府主要领导人担任总指挥） | ①由省级人民政府有关部门组成，实行属地管理的原则，负责对本行政区域内突发公共卫生事件应急处理的协调和指挥，作出处理本行政区域内突发公共卫生事件的决策，决定要采取的措施。②省级以上人民政府卫生行政主管部门或者其他有关部门指定的突发事件应急处理专业技术机构，负责突发事件的技术调查、确证、处置、控制和评价工作。 |
| 县级以上地方人民政府卫生行政主管部门 | / | 具体负责组织突发事件的调查、控制和医疗救治工作，在各自的职责范围内做好突发事件应急处理的有关工作。 |
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