在推动亚里士多德主义在西欧复兴的过程中，一位阿拉伯—西班牙的哲学家阿威洛伊（Averroe，1126—1198年，其阿拉伯名字为伊本·路西德）发挥了非常重要的作用。这位阿拉伯哲学家把阿尔弗拉比、阿维森纳等“伊斯兰亚里士多德主义者”的哲学思想融汇于他对亚里士多德著作的评注中，形成了以亚里士多德思想为核心的阿威洛伊主义。阿威洛伊具有唯物主义倾向的思想从表面上看是与基督教的正统教义直接抵牾的，因此遭到了罗马教会的坚决抵制，他所评注的亚里士多德著作也再一次遭到了罗马教会的禁绝。但是一部分具有深远眼光的经院哲学家从阿威洛伊所宣扬的亚里士多德主义中发现了有利于基督教神学的东西，在他们的不懈努力下，罗马教会终于在1231年下令解除了对亚里士多德自然哲学著作的查禁，并且号召经院哲学家按照教会的精神去研究和解释它。从此以后，亚里士多德主义就逐渐取代柏拉图主义而成为基督教哲学的理论基础。在经院哲学中，利用亚里士多德的哲学思想来论证基督教神学信条的最高典范，就是托马斯·阿奎那。
托马斯·阿奎那（Thomas Aquinas，1224—1274年）出生于意大利那不勒斯附近的洛卡塞卡城堡，是阿奎那大封建领主郎杜尔夫公爵的第七子。他撰写了大量著作，其中最著名的代表作有《反异教大全》（又称《哲学大全》）和《神学大全》。托马斯的这些鸿篇巨著奠定了他在经院哲学中的权威地位。
理性与信仰、哲学与神学的关系
托马斯在《神学大全》的开端处对哲学与神学的特点及其区别进行了论述，他指出，二者的区别不在于研究对象，而在于研究方式——哲学通过理性来认识上帝、创世、天使、救赎等对象，神学则以天启来认识这些对象。托马斯对于理性与信仰、哲学与神学关系的基本态度是，天启真理是比理性真理更加深刻和更加根本的真理，对于它们只能信仰，不能根据理性来提出异议。哲学的任务就是运用理性去证明那些可以被证明的天启真理，而把不能证明的天启真理留给信仰和神学。
上帝存在的宇宙论和目的论证明 托马斯在运用理性来证明天启真理方面最典型的例子就是关于上帝存在的宇宙论证明和目的论证明。与安瑟尔谟的“先天证明”相反，托马斯提出了自己的“后天证明”，即从人们已知的事实出发来推出其原因的“回溯的”证明方法，这就是宇宙论证明和目的论证明，它们一共有五个，即著名的“圣托马斯五路证明”。
阿奎那第一次把这些证明综合起来，从经验的论据出发，对上帝的存在进行了论证。与本体论证明相比，宇宙论证明从形式上看似乎更加具有说服力，因为它的出发点不是建立在抽象的概念上，而是毋庸置疑的经验事实。它并不是形而上学地从思维中直接推导出存在，而是从有限的、相对的现有存在物出发，然后上升到无限的、绝对的存在物（上帝）。不过，宇宙论证明的意义也并不在于它实际上证明了什么，而在于它坚持了从理性角度证明信仰内容的可能性。这代表了中世纪基督教哲学发展的一个阶段，这个阶段的精神特征就是寻求信仰与理性的和解。
形式与质料 托马斯在对亚里士多德著作进行评注的过程中发展了亚氏的“四因”学说，他把形式因和质料因归为“内因”范畴，把动力因和目的因归为“外因”范畴。托马斯虽然把形式与质料都归于内因，但是他仍然从外因论的角度来说明物质中的形式产生的原因，坚决反对阿威洛伊主义把形式看作是原初物质本身固有的观点。他说道：“存在于物质中的形式是从无物质的形式中产生的。”
灵魂学说 托马斯还将形式与质料学说运用来说明灵魂与肉体的关系，他把每一个人都看作是一个实体，其中肉体是质料，灵魂则是决定一个人的本质特性的“实体形式”。灵魂在与肉体结合之前是一个独立的精神实体，与其他精神实体（天使）一样是不朽的。当灵魂与肉体结合之后，它就不再作为一个实体，而是作为一个“实体形式”存在于作为实体的个别的人之中。他认为灵魂都是个别的、单一的精神实体，每一个灵魂作为“实体形式”与特定的肉体相结合就产生了个别的人，有多少人就有多少灵魂，每一个灵魂就其本性而言都是不死的。
温和实在论 托马斯在共相问题上既反对唯名论，也不赞同安瑟尔谟的极端实在论，他像阿伯拉尔一样，力图将辩证法引入关于共相问题的讨论中。他不是一般性地笼统回答共相到底是独立存在的，还是寓于可感事物之中，而是将其和形式与质料、理智活动的性质与过程等问题联系起来，历史地和辩证地说明共相的性质与特点。他由此提出了共相分别先于、寓于和后于个别事物的观点。托马斯的共相学说一方面坚持实在论者关于共相比个别事物更加真实、更加实在的观点，另一方面也承认唯名论者关于共相在现实世界中只能寓于可感事物而存在的观点，因而具有极强的理论解释力。由于他从根本上仍然把共相或一般概念看作独立的客观实体，因此他的共相学说被称为温和实在论。
认识论 托马斯在《神学大全》中也充分地讨论了认识论的问题，他在谈到感觉与（人类的）理智的关系时，坚持亚里士多德关于“知识来源于感觉”的基本立场，同时又强调：“决不能说感性认识是理智知识的总原因或全部原因，它只是在一个方面可作为原因看待。”知识固然源于感觉，但是仅靠感觉造成的印象和观念是不够的，知识的形成还需要“更高级的东西”，这就是“主动的理智”。托马斯承认人的认识是一个从感性到理性、从个别到一般的深化过程，但是他却认为理性形成抽象概念和进行判断、推理的能力是灵魂所固有的，上帝早在认识活动发生之前就已经把万物的“实体形式”潜藏于灵魂之中，然后又通过外部的启示使灵魂认识到这些潜在的“实体形式”，形成理性的知识。就此而论，托马斯似乎又回到了柏拉图的“回忆说”，差别只在于把感觉的刺激作用说成了上帝的外部启示。
托马斯是中世纪基督教神学和经院哲学的一代宗师，他的《神学大全》几乎涉及到当时人类知识的所有领域，构成了中世纪哲学和神学的最全面、最系统的理论体系，它代表着经院哲学的最高成就。
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