既然法律的框架无法突破，那么如何在法律框架下更好地发挥执法队伍的作用，《指导意见》提出了生态环境主管部门是生态环境保护综合执法队伍的领导部门的定位。在具体实践中，生态环境主管部门作为领导部门，履行执法队伍建设的领导责任，统筹做好队伍管理、对外协调等支持行政执法的职责。而对综合执法队伍，《指导意见》指出了规范化、现代化、专业化、制度化的发展方向，真正做到“让专业的人，专心，做专业的事”。
同时，与之相匹配，在基层执法方面，《指导意见》提出“局队合一”的模式，压实县级生态环境分局对生态环境执法的领导责任，把资源和力量向执法一线倾斜。对于“局队合一”的具体落实形式，《指导意见》赋予了地方很大自主权，要求结合实际情况落实。建议可参考公安机关内设刑警、交警大队的模式，县级生态环境分局可以内设生态环境保护综合行政执法队伍。
解读2：理顺生态环境保护综合执法队伍与相关行业管理部门权责关系
相关行业管理部门不再保留生态环境保护执法队伍。从中央深化行政执法体制改革的总体要求来看，《中共中央关于深化党和国家机构改革的决定》规定，深化行政执法体制改革，目的是“解决多头多层重复执法问题”，实现路径是“相对集中行政处罚权，整合精简执法队伍”“整合同一领域或相近领域执法队伍”“探索实行跨领域跨部门综合执法”。《深化党和国家机构改革方案》第五十一条要求，“整合环境保护和国土、农业、水利、海洋等部门相关污染防治和生态保护执法职责、队伍，统一实行生态环境保护执法”。《指导意见》坚持优化、协调、高效的原则，整合相关部门污染防治和生态保护执法职责，相对集中行政处罚权，组建生态环境保护综合执法队伍，按照编随事走、人随编走的原则，相关行业管理部门污染防治和生态保护执法人员同步划转至生态环境保护综合执法队伍。相关行业管理部门划转生态环境保护领域执法职能后，不再行使相关领域原有执法权，不再保留生态环境保护执法队伍。
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