“三焦”一词，在中医学中，其基本涵义有三：一是六腑之一的脏器三焦；二是可分为上、中、下三部分的部位三焦；三是温热病辨证方法的辨证三焦。此三者，名称虽一，但内涵不同，外延亦别，不能混淆。但三者之间既有区别，又有联系。
1.辨证三焦与六腑三焦的异同。六腑三焦，是人体的内脏器官之一，“夫胃、大肠、小肠、三焦、膀胱者，……名曰器，能化糟粕，转味而入出者也。”（《素问。六节藏象论》）指出三焦与其他五腑一样，具有传化饮食水谷、泻而不藏的特点，皆为有形之器。其功能有二：一是通行水液，为水液运行之道路；二是主持诸气，为元气升降之道路。三焦与心包通过经脉络属构成表里关系，三焦的功能与肾、膀胱及肺的功能关系密切。三焦的功能特点为“以通为用”，若三焦闭塞，则会导致气滞不通，或水行受阻，而致腹胀满闷、小便不利，或水肿等症。正如《灵枢。邪气脏腑病形》所说：“三焦病者，腹气满，小腹尤坚，不得小便，窘急，溢则水，留则为胀。”
三焦辨证，是清代医家吴鞠通根据温热病的传变规律总结出的辨证方法。它不仅代表了上焦、中焦、下焦三个部位所属脏腑的病理变化与证侯表现，而且反映了温热病发展的不同阶段。以病证论，上焦包括肺与心包的证侯；中焦包括脾与胃的证侯；下焦包括肝与肾的证侯。以温热病的发展言，则上焦为温热病初期阶段；中焦为其极期阶段；下焦为其后期阶段。以疾病的传变言，则始上焦，传中焦，终下焦。即如《温病条辨。中焦篇》所说：“温病自口鼻而入，鼻气通于肺，口气通于胃，肺病逆传，则为心包。上焦病不治，则传中焦脾与胃也；中焦病不治，则传下焦肝与肾也。始上焦，终下焦。”
由上述可知，六腑三焦与辨证三焦，名称虽一，实质迥然不同：一为人体内在脏器，乃水液运行与气化之道路；一为疾病的辨证方法，是对温热疾病由浅入深、由上及下的病理概括。
2.辨证三焦与部位三焦的异同。早在《内经》、《难经》之中，中医学对三焦的认识即有六腑三焦与部位三焦之别。六腑三焦是指内在脏器之一，而部位三焦则是指人体内上焦、中焦、下焦三个不同部位的合称。《灵枢。营卫生会》说：“上焦出于胃上口，并咽以上，贯膈布胸中……；中焦亦并胃中，出上焦之后，……；下焦者，别回肠，注于膀胱。”《难经。三十一难》曰：“上焦者，在心下，下膈，在胃上口……；中焦者，在胃中脘，不上不下……；下焦者，当膀胱上口。”可见，上焦即胃上口，横膈以上部位，包括心肺二脏；中焦是指膈下脐上部位，包括脾胃肝胆等脏腑；下焦是指脐下部位，包括肾、膀胱、大小肠等脏腑。上焦、中焦、下焦称为部位三焦，部位三焦的功能是对三个部位相应脏腑功能的概括，即“上焦如雾”、“中焦如沤”、“下焦如渎”（《灵枢。营卫生会》）。
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