总体上“耐药”是自觉或不自觉的人为因素所致。耐药、耐多药或严重耐多药结核病的根本原因是抗结核治疗不规范……患者在确诊为结核病后未到结核病专业机构或正规医院接受治疗，而是到尚未经过结核病诊断、治疗标准化培训的机构就诊；或者就诊医疗机构的医生结核病治疗知识相对匮乏而采用了错误的治疗方针和治疗理念。制定的化疗方案不合理就是最突出的问题、其中药物联合不合理的情况最多，诸如：在不了解患者的药物敏感状况、也不问其既往用药历史的情况下、盲目制定的化疗方案、特别是反复采用了已耐药的药物联合，导致治疗的多次失败最终形成耐药。用药剂量不足、服药方法不当也是造成耐药的重要原因，医生或患者都可能因惧怕药物不良反应而长期采用低剂量或错误剂量的药物治疗，导致治疗失败。
在结核病的治疗中，随诊工作十分重要，通过随诊医生和患者可进行充分交谈、医生可及时了解患者病情的变化以及治疗、用药状况，患者也可反映自已治疗过程中的感受，客观上起到督导作用。然而许多时候患者拒绝随诊，或因忽视自己的病情未察觉药物不良反应，因此得不到及时处理而加重；或因客观条件的限制间断用药而得不到及时纠正，这些情况必然造成患者中止治疗或治疗间断的最终结果。
在结核病治疗中，首诊医生的宣教是必不可少的工作内容，需要传授给患者结核病的有关知识，药物的服用方法，治疗的疗程。特别是坚持治疗和完成全程治疗对痊愈的重大意义，事实上很多患者并不了解自已的病情和预后，导致部分患者把暂时症状的缓解误认为结核病已获得痊愈，便自行停药；另一部分患者对治疗过程中出现的药物不良反应或一些可以克服的困难不是积极采取相应措施解决，反而首先是随意自行中断治疗，待病情恶化后再次就诊，如此循环往复造成间断治疗导致耐药。
结核病治疗的疗程过长，很需要有一套科学的管理做化疗成功的保障，目前国际公认并在我国推行的DOT（直接面视下治疗）管理是最有效、最经济的结核病控制手段，但有些地区并未严格推行DOT管理，患者的管理处于松散状态或患者不依从这种管理、也必然导致疗程不足、用药不规则。
当然个别地区抗结核药物供应不足，种类不全，质量不佳以及患者的经济困难也是造成耐药的非常直接的原因。
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