证券公司应当缴纳的基金，按照证券公司佣金收入的一定比例预先提取，并由中国证券登记结算有限责任公司代扣代收。证券公司应在年度审计结束后，根据其审计后的收入和事先核定的比例确定需要缴纳的基金金额，并及时向保护基金公司申报清缴。不从事证券经纪业务的证券公司，应在每季后10个工作日内按该季营业收入和事先核定的比例预缴。每年度审计结束后，确定年度需要缴纳的基金金额并及时向保护基金公司申报清缴。
2.证券投资者保护基金的使用
(1)证券公司被撤销、被关闭、破产或被中国证监会实施行政接管、托管经营等强制性监管措施时，按照国家有关政策规定对债权人予以偿付。
(2)国务院批准的其他用途。
为处置证券公司风险需要动用保护基金的，中国证监会根据证券公司的风险状况制订风险处置方案，保护基金公司制订保护基金使用方案，报经国务院批准后，由保护基金公司办理发放基金的具体事宜。
3.证券投资者保护基金的监督管理
中国证监会负责保护基金公司的业务监管，监督基金的筹集、管理与使用。财政部负责保护基金公司的国有资产管理和财务监督。中国人民银行负责对保护基金公司向其借用再贷款资金的合规使用情况进行检查监督。
保护基金公司应依法合规运作，按照安全、稳健的原则履行对基金的管理职责，保证基金的安全。基金的资金运用限于银行存款、购买国债、中央银行债券(包括中央银行票据)和中央级金融机构发行的金融债券以及国务院批准的其他资金运用形式。保护基金公司应建立科学的业绩考评制度，并将考核结果定期报送中国证监会、财政部、中国人民银行。
证券公司、托管清算机构应按规定用途使用基金，不得将基金挪作他用。基金公司、证券公司及托管清算机构应妥善保管基金的收划款凭证、兑付清单及原始凭证，确保原始档案的完整性，并建立基金核算台账。对挪用、侵占或骗取基金的违法行为，依法严厉打击;对有关人员的失职行为，依法追究其责任;涉嫌犯罪的，移送司法机关依法追究其刑事责任。
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