分别收集EGF剌激0min、5min、10min和30min的184A1乳腺癌细胞，提取蛋白质，分别进行酶解，然后采用iTRAQ试剂中的114Da、115Da、116Da和117Da不同同位素标记。将它们等量混合，采用抗泛酪氨酸磷酸化抗体进行免疫沉淀，再经过固相金属亲和层析(Im¬mobilizedmetalaffinitychromatography，IMAC)进一步纯化，最后用LC-MS/MS鉴定与定量分析获得不同iTRAQ标记的、混合的酪氨酸磷酸化肽段，并确定酪氨酸磷酸化位点。通过上述研究，可以发现

试卷相关题目

• 1前列腺癌致死的主要原因是发生转移。为了发现前列腺癌淋巴结转移的早期诊断标记物，采用蛋白质组学2DE-DIGE技术比较了10例前列腺增生组织、10例原位前列腺癌组织、8例前列腺淋巴结转移组织之间蛋白质表达的差异。结果共2018个蛋白质点被配对，其中80个蛋白质点在原位前列腺组织与淋巴结转移前列腺癌组织中表现出明显的差异，经过MALDI-TOF/TOF-MS分析，鉴定了58种差异蛋白质，其中在淋巴结转移前列腺癌中，表达上调的有35个，表达下调的有23个。接下来，应该

  A.鉴定所有2018个配对的蛋白质

  B.制备或购买58种差异蛋白质的抗体，逐一验证表达是否有差异

  C.表达上调的更重要，收集更多的临床样品来验证这35个上调蛋白质

  D.首先是生物信息学分析所有鉴定的58种差异蛋白质，缩小分析验证的范围

  E.这些差异蛋白质肯定不会表现在相应患者血清中，所以血清验证没有意义

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• 2年龄相关性黄斑变性(age-related macularde generation，AMD)是老年失明的常见原因。从1162〇4个SNP中筛选与AMD相关的位点，并发现了一个高度相关的SNP位点，其等位基因在AMD患者中出现的频率显著高于正常对照组。随后发现，该SNP位于CFH基因(complementfactorH，编码补体因子H)中，该基因功能可调控对炎症反应起控制作用的补体级联反应。2005年末，报道了CFH和AMD相关，发现了CFH的一个高危突变和其他几个似乎具有保护作用的突变。从上述叙述中，支持下述推断的是

  A.触发炎症反应可能有助于预防和控制AMD

  B.炎症在AMD发病过程中起重要作用

  C.这些变异足以提供个性化治疗AMD的方案

  D.HapMap的公布使AMD的SNP鉴定变得更为复杂

  E.这一CFH的SNP属结构变异

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• 3CAGE和SAGE都是从反转录(RT)开始，但有两处明显的不同:①CAGE的RT反应中包含海藻糖；②CAGE分析时使用帽捕获器(captrapper)，即在mRNA和cDNA杂交分子中用生物素标记mRNA的帽。以下分析不正确的是

  A.海藻糖能在高温下稳定反转录酶，以使RT反应在60℃条件下进行

  B.提高RT反应温度的目的是弱化RNA二级结构，以避免RT反应还没有到达mRNA的5-端就终止

  C.利用帽捕获器，可以将含全长cDNA的杂交分子从含非全长cDNA的混合分子中纯化出来

  D.生物素标记只发生在帽上

  E.CAGE分析mRNA的V-端，所以可以借助该技术鉴定转录起始位点，并有助于定位启动子

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• 4如果每个个体是一篇漂亮的文章，那么基因组序列就好比组成这些文章中所需字词的“字典”。现在已经知道了很多“名词”，即知道了基因组中的基因；但还不知道“动词”、“形容词”、“副词”，即不知道基因何时表达及其表达量如何；更不知道写文章时的“语法”，即不知道它们是怎样发挥作用的。而提供数据库及全面理解基因组学“语法”所需的注解工具，就是生物信息学。从这个比喻中，可以知道

  A.每个个体的不同，是由于“字典”中的“名词”不同

  B.“动词”是指反式调控因子，如转录因子、激活蛋白等

  C.“形容词”是指顺式调控元件，如启动子、增强子等

  D.“副词”是指反式调控因子与顺式调控元件的作用方式、强度等

  E.大部分基因组的序列信息在“字典”中还没有解释

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• 5从完成的人类基因组图谱中，可以了解到：总共22289个基因，共有出现34214个转录物，大约每个基因出现1.5个转录物。这些基因表现231667个外显子，即每个基因含10.4个外显子，包括所有这些外显子的DNA是34Mb，这只是人类基因组常染色质的1.2%。从这些信息中可以得出

  A.最小生命基因组34Mb就够了

  B.转录物比基因多，是因为非基因区也可转录

  C.人类基因组的大部分不包含蛋白质编码基因，而是编码rRNA、tRNA、snRNA和miRNA等

  D.人类能产生的蛋白质种类不可能比22289个基因多

  E.所有22289个基因功能都已经注释

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• 6为了阐明miR-373促乳腺癌侵袭转移的分子机制和发现miR-373新的靶标因，有研究人员在前期研究中采SILAC定量蛋白质组学高通量策略分析了miR-373转染乳腺癌细胞MCF-7前后细胞内蛋白质表达水平的差异，即将miR-373转染13C6-Lys(重同位素)标记的MCF-7细胞、NCmiRNA(阴性对照)转染12C6Lys(轻同位素)标记的MCF-7细胞，按两者细胞总蛋白等量混合，然后经SD&PAGE分离和LTQ-Orbitrap质谱鉴定与定量分析，总共鉴定出335种差异表达的蛋白质分子，其中有30种以上已经证实与肿瘤侵袭转移密切相关。从中可以得出

  A.这335种差异表达的蛋白质肯定都是表达下调的

  B.差异表达的蛋白质是由于miR-373通过mRNA降解或抑制其翻译而导致了蛋白质表达水平下调的

  C.这335种差异表达的蛋白质的mRNA都应该可以用miRNA靶标预测软件miRanda和Targetscan预测出来

  D.由于细胞培养过程中的稳定同位素标记技术(SILAC)本身的不足，而遗漏一些差异表达的蛋白质

  E.最后仅得到5个受miR-373调控的靶标基因

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• 7为了鉴定肿瘤细胞分泌组中的磷酸化蛋白质，以超滤对条件培养基进行脱盐和浓缩处理，然后进行酶解，用TiO2富集蛋白质酶解肽段中的磷酸化肽段，经过LC-MS/MS分析，有49种蛋白质的62个独有的肽段上鉴定出142个磷酸化位点。从中可以推断

  A.开展这一实验，很可能是用无血清培养的细胞

  B.开展这一实验之前，无需分析细胞分泌组中是否存在磷酸化蛋白质。

  C.这些蛋白质大多数是通过经典分泌途径分泌的D之所以用TiO2，是因为其仅特异地结合磷酸化肽段。

  D.之所以用TiO2，是因为其仅特异地结合磷酸化肽段。

  E.与固相金属离子亲和色谱（immobilized metalaffinitychromatography，IMAC)富集磷酸化肽段相比，IMAC比TiO2具有更高的富集效果和特异性

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• 8从一个长疣的病人切下的疣，经含去污剂的缓冲液均质化，以从中抽提出的DNA为模板，用乳头状瘤病毒的特异性引物PCR扩增，得到一条特异性条带，经测序直接读出前21个碱基：caaaaaacggaccgggtgtac。从中可以得出

  A.疣中不存在该病毒的DNA

  B.进一步确认该病毒的株系，可以以测序获得的21个碱基序列进行Nucleotide BLAST分析，就可能获得

  C.BLAST还发现这段序列与小鼠的基因有19个碱基匹配，提示这段序列可能来源于小鼠

  D.用去污剂的缓冲液均质化是为了杀灭病毒

  E.测序时至少要获得16个碱基序列，21个碱基足够，不是越长越好

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• 9RFLP可以

  A.用于遗传作图

  B.体现两个等位基因之间限制图谱的差别

  C.体现同一个种的两个个体之间限制图谱的差别

  D.体现两个种的两个个体之间限制图谱的差别

  E.用于两个中间遗传图比较

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• 10功能基因组学研究中常用的验证基因功能的实验包括

  A.转基因

  B.基因过表达

  C.基因敲除

  D.基因沉默

  E.基因定位

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